C’est une époque de mauvaise rentabilité pour le Médoc qui est presque simultanément foudroyé par la grande récession mondiale, le mildiou et le phylloxéra.

Le mildiou, autre maladie de la vigne due à un champignon, apparaît peu de temps après que l’oïdium ait été maîtrisé ; cette fois le remède sera trouvé sous la forme d’une pulvérisation de sulfate de cuivre, la fameuse « bouillie bordelaise ».

Le phylloxéra, insecte venu des Etats-Unis, est un fléau plus terrible encore et sa propagation est inexorable ; il faut attendre la solution du greffage des cépages français sur des plants américains résistants pour sauver le vignoble bordelais.

La production de Château Margaux reprend au fur et à mesure des nouveaux traitements et des replantations et le 1893, millésime remarquable, est si abondant qu’il faut arrêter les vendanges pendant six jours faute de cuves ! Sa production dépasse celle du légendaire 1870, la plus grande année d’avant le phylloxéra.

Les jeunes pieds issus des replantations ne permettent cependant pas de produire des raisins de qualité optimale et une partie de la production est vendue comme « second vin », le futur Pavillon Rouge du Château Margaux.

En 1896, Frédéric Pillet-Will trouve un homme de confiance en la personne de Pierre Moreau qui va bientôt jouer un rôle primordial à Margaux.

A la mort de Pillet-Will, le domaine revient à son gendre, duc de la Trémoille pourtant élu député de la Gironde sur une liste radicale de gauche ! Mais il perd son siège à l’élection de 1910, ce qui l’incite peut-être à délaisser sa propriété pour chasser le souvenir d’un électorat ingrat!